Посадочный модуль будет исследовать поверхность Луны на глубине до ~40 см. Используя свои инструменты, он будет искать содержание воды, а также попытаться определить, какие элементы и их изотопы присутствуют в лунной почве.
Еще одной целью будет измерение уровня радиоактивности поверхности Луны. Луна-25 будет изучать также состав экзосферы Луны, физические процессы, происходящие в ней, когда Луна пересекает хвост магнитосферы Земли.
Все приведенные ниже инструменты были разработаны Российским институтом космических исследований, который является ведущим учреждением Российской академии наук, занимающимся исследованием космоса.
АДРОН-ЛР. Детектор нейтронов и гамма-лучей Изучение элементного состава и содержания водорода в реголите методом активной нейтронной гамма-спетроскопии. Прибор просветит грунт на глубину 60 см.
АРИЕС-Л. Энергомасспектрометр для изучения экзосферы Луны.
БУНИ. Блок обеспечения работы научных устройств. Коммутация электропитания и управления научной аппаратурой, сбор, хранение и передача телеметрической научной информации и бортовые системы аппарата.
ЛАЗМА-ЛР. Лазерный масс-анализатор для измерения химического, элементного и изотопного состава реголита.
ЛИС-ТВ-РПМ. ИК-спектрометр для изучения в видимом и инфракрасном диапазонах минералогического состава поверхностного слоя реголита Луны и содержания воды в нем.
ПмЛ. Прибор пылевого мониторинга для исследования физических характеристик лунной пылевой экзосферы и поверхностного реголита, рассеивающегося под действием микрометиоритных воздействий.
ЛМК. Рука-манипулятор. Будет использоваться для доставки образцов реголита в прибор ЛАЗМА-ЛР, изучение механических свойств реголита, наведение ЛИС-ТВ-РПМ на объекты вблизи аппарата. Рука-манипулятор ЛМК с грунтозаборным ковшом сможет отбирать реголит с размером частиц до 2,8 мм с глубины около 15-30см.
СТС-Л. Телевизионная система. Панорамная стереосъемка, съемка при посадке аппарата, обеспечение работы ЛМК. На борту установлено восемь камер СТС-Л.
Пилот-Д. Телекамера-демонстратор. Съемка поверхности Луны с низкой окололунной орбитой для отработки оптического канала будущей европейской системы высокоточной и безопасной посадки